La risposta alla sua domanda imporrebbe di conoscere molti più dettagli. Il primo sarebbe certamente la prospettiva futura della separazione, vale a dire la volontà su come gestire la fase post-separazione. E' chiaro che per due persone che stanno dividendosi è meglio semplificare il più possibile le cose, evitando sul nascere ipotetici malintesi futuri. In questo senso la comproprietà di due case lo è di certo. In linea di massima, dunque, è consigliabile procedere ad uno scioglimento dell'attuale comunione/comproprietà mantenendo appannaggio dell'uno e dell'altra una sola casa.
Se vi fosse accordo pieno tra Voi, avendo due figli minori e non potendo procedere ad una separazione in Tribunale (cui sono collegati, nel caso di trasferimenti o disposizioni aventi ad oggetto immobili, rilevanti agevolazioni), rifletterei molto sull'opportunità di donare le due unità immobiliari ai figli riservando l'usufrutto rispettivamente a Lei od alla Sua compagna uno a testa.
Gli atti pubblici non hanno un costo banale (ma neppure inarrivabile) e - così concepiti - probabilmente sarebbero anche più semplici da accettare per tutti. Risparmierebbero, in ogni caso, il doppio passaggio che dovreste fare in futuro qualora voleste (come immagino) lasciarli a loro.
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